Team Poképals assist Grovyle, a Pokémon from the the future, in restoring the Time Gears and preventing a dark future.

从前，有一个世界，在那里所有的宝可梦都通过说话来相互交流。在这个世界里，我们见到了一只曾经是人类男孩的小企鹅（Piplup），还有一只梦想组建宝可梦探险队的小火猴（Chimchar）。他们相遇之后，便真的组建了一支探险队，将其命名为“宝可梦伙伴队”（Poképals）。通过不懈的努力和艰苦的训练，“宝可梦伙伴队”走向了辉煌……

继进取队出动之后，本作再次以不可思议的迷宫系列改编，里面的宝可梦都会说人类的语言。一个小男孩变成了波加曼，和小火焰猴组成胖可丁手下的探险队而展开救难的冒险。他们在向日花怪协助下完成了首次冒险。

神奇宝贝不可思议的迷宫 时之探险队・暗之探险队

Charmander's voice calls out from the darkness if Squirtle is okay. The sleeping boy wakes up, and can't believe himself when he sees a talking Charmander. Charmander then points out that he's a Pokémon too. The boy takes a look at his reflection at a river besides him, and sees that it is true! He has turned into a Squirtle, and has no recollection at all how this had happened.

小智一行人在大树下打盹时，顽皮的波克比却没有和大伙一起入睡而跑出去玩耍，为了寻找走失的波克比，皮卡丘和所有的宝可梦们一起来到一个巨大的树林丛中，在里面遇见了电击怪，还认识了一大堆的新朋友，就在大家玩得很快乐的时候，突如其来的暴风雨，却让大伙陷入困境，宝可梦们要如何度过呢？

空から降ってきてパニック状態のアンノーンは「どこから来たの？」と聞いても「キラキラしたとこ」という以外分からない。 仲間の場所を知っているというエネコの案内で向かった先は、行き止まりの地下水路。しかも、壁にあったおかしな柱のパズルを 押してみると突然不思議な光に吸い込まれてしまう。 気付くとそこは、空の上に浮かぶ石の迷路があったり、ポケモンが大きくなったりする、とっても不思議な場所。 さらにニャースたちも追いかけてきた！果たしてピカチュウたちは無事アンノーンを仲間のところへ連れて行くことが出来るの？

故事开篇，主角做了一个不可思议的梦，在梦中，听到了某人的呼唤，“希望你拯救宝可梦世界”，回过神来，发现自己变成了宝可梦。之后，随着神秘的声音指引，闯入了只有宝可梦的世界。 不知不觉间，能够与宝可梦对话的主角，与许多同伴一起，朝着不可思议迷宫展开冒险。

《困境重生》（Expedition Impossible）应该是最具挑战性的野外冒险、求生类真人秀，参赛者3人一组（共分成13个组）前往条件恶劣的地区如荒芜的沙漠、白雪皑皑的丛山峻岭、湍急的河流等接受极限挑战。经过10轮角逐之后，最先赶到终点线的队伍获胜。

日本播放的《宝可梦》系列动画分为不带小标题的无印篇动画和附带小标题的其他六部动画，附带小标题的6部动画在设定上根据各自的游戏版本而有所不同，并未按照季度划分。